如果一切都到此为止的话，那么将会是一个非常圆满的结局，政局将会从战时向着和平时期稳定过渡，而银河系饱受战争之苦的人民也可以真正安定下来修养安息。然而，联邦元帅狄斯雷利离去后的三个月里，形势却在急转直下！
首先，因为战争已经结束，庞大的战争机器——军队已经没有存在的必要，为了减轻联邦人民的负担，向来对军人没有好感的德拉斯元首当即下令军队裁员40%，一批被认为在战争中犯有罪行的将领也遭到了降职和追查。
这种操之过急的做法引起了军队的不满，从一般士兵到高级将领，暗地里都对元首大发牢骚，局面大有一触即发之势。
而在被强行迁移的太阳联邦遗民中，也爆发了小规模的骚乱。由于不堪忍受银河联邦士兵的歧视和虐待，也不愿被分散地迁移到陌生、荒凉的星球上去，太阳联邦的遗民里不断有人持械起义。而遭到政府不公平对待的士兵消极怠工，不愿有效地镇压起义，于是，骚乱马上扩大到以科培尔为中心的12个星球上。
联邦政府焦头烂额，政治家出身的德拉斯元首没有处理军事暴乱的能力。得不到军队的支持，政府甚至无法有效控制首都科培尔的局势。无奈之下，德拉斯元首准备作出一定程度的让步，以缓和日渐严峻的局面。
在这种情况下，他恢复了当年卡尔·狄斯雷利麾下三员名将——爱德蒙·冯·斐迪亚斯（银河舰队司令，32岁）、托罗斯基·科塔夫（银河空军司令，46岁）以及奥莱托·德·摩尔（空军陆战队司令，37岁）三个人的上将职务，令其全面负责联邦的治安。
在号称“三驾马车”的三位将军的指挥下，骚乱渐渐开始平定。
然而，形势刚刚好转，就在一个惊人的噩耗下再度恶化了！
“狄斯雷利元帅在海华特拉星球上被太阳系的暴民刺杀了！”
“凶手还砍下了元帅的首级！”
这个消息如惊雷一般地在银河联邦中轰传，让听到的每一个平民与将士无不大惊失色。仿佛一桶火药在高压下终于爆炸，军队中爆发了大规模的骚乱，在银河联邦军队三位上将的提议下，士兵们集结在一起，向政府要求严惩凶手并加强对太阳系遗民的控制与清洗。
迫于压力，联邦警察局开展了调查，很快抓获了嫌疑犯。但是在抓获的当晚，警察局就遭到了不明身份人群的袭击，嫌疑犯逃脱。尽管科培尔警察局长向联邦元首请求辞职，但是德拉斯元首却不允许，并在争论中脱口说出了心声：“其实，我并不想因为一个屠夫应得的死亡，而失去我忠心的部下。”
于是，警察局长得以留任。
而这句话不知怎么被流传了出去，顿时在军队里引起了轩然大波。士兵们为他们所爱戴的统帅遭到的不幸与侮辱愤怒起来，纷纷上街进行抗议与示威，事态迅速扩大，从科培尔星球开始，渐渐地，半个银河系的军队都卷入了其中。而三大将领中除了联邦空军陆战队司令摩尔上将出手阻止了手下军士以外，另外两名将领斐迪亚斯上将和科塔夫上将却无意控制手下的违纪行为，甚至还暗中加以鼓励。
眼见联邦政府迟迟不能抓获嫌疑犯，士兵们开始不满，私下里组织起来展开了搜捕——据说，这个违反了《联邦宪法》的组织首领，其实就是舰队司令斐迪亚斯上将，他率领士兵强悍地对所有来自太阳系的遗民进行了残酷的清洗和拷问。
在军队无情的追查下，为了不连累族人，来自太阳联邦首府地球、具有东方血统的萧纳德终于挺身而出投案了，并交出了被冰冻的狄斯雷利元帅的头颅。
虽然联邦政府强烈谴责了军对违反宪法、无视政府的行为，并要求将领们把凶手交给政府审判，但对政府早已失去信任的军队依旧我行我素。宇宙历2年6月2日，斐迪亚斯上将和科塔夫上将指挥军队占领了联邦通讯中心，当着全银河系人民的面，处死了刺杀元帅的凶手萧纳德，并发誓要将凶手背后的太阳系反抗组织连根挖出、彻底消灭。
随后，军队与赶来维持秩序、收回通讯中心的政府军发生了激烈冲突。面对着德拉斯元首发出的要军队缴械回营的命令，爱德蒙·冯·斐迪亚斯上将冷笑着宣布，军队将不再听从联邦政府的调遣，并以狄斯雷利元帅的名义号召全军士兵起来推翻现在懦弱政权。士兵们一呼百应，甚至那些因裁军被打发原籍的士兵，都在各个星球上起兵响应。
一时间，刚刚结束的战争又再一次爆发了。
相对于上一次的银河战争，历史学家称这一次内战为“银河战争II”。
6月2日当天，科培尔星球上就开始了激烈的内战，效忠于德拉斯元首的政府军同狄斯雷利领导过的银河联军交火，整个星球，甚至整个银河系又重新陷入了一片火海。
很快，军事上毫无经验的德拉斯政府军节节败退，银河联军控制了一切要害部门，于6月10日正式接收整个联邦首府，宣布成立由军人执政的新银河帝国，追认死去的卡尔·狄斯雷利元帅为帝国元首，原银河舰队司令爱德蒙·冯·斐迪亚斯上将就任帝国元帅兼舰队统帅，原银河空军司令托罗斯基·科塔夫担任总参谋长兼空军、陆军司令。而原银河空军陆战队司令奥莱托·德·摩尔上将因为没有兴趣卷入内战，也不想参加帝国政府，宣布了退役。
其实，从这一次银河联邦内战中得到最大好处的是太阳系的遗民——趁着联邦内部的混乱，在一个勇敢的青年安东尼·费尔南多的领导下，遗民们成功地逃离了监禁他们的星球，乘着破旧的航母，穿过危险的陨石区与小行星带，到达了位于银河帝国势力范围之外、银河系中最偏僻荒凉的地方——仙后座β星。
在80多万光年的漫长逃亡路途中，有30%以上的太阳系人民死于战争和饥饿，最后到达目的的人数不到8亿。然而，这8亿人却顽强地在那里生存了下来，重新组建了新的太阳联邦政府，并选出英雄萧纳德的遗孀、同样是黑发黑眼睛的柯琳·萧夫人作为他们的领导人，24岁的安东尼·费尔南多成了军事上的首领。
太阳系作为人类文明的发源地，它本身拥有的科学技术要远远领先于银河各个殖民星球，靠着遗民中众多的各类专家，新的联邦迅速发展起来。
而以德拉斯为首的原银河联邦政府被迫流亡，在流亡过程中得到了银河64个殖民星的支持。趁着新生的银河军事帝王正忙于镇压境内太阳系遗民的起义和叛逃，联邦政府在离科培尔2万光年以外的普里摩斯星球上建立了新的政权。187个殖民星中另外92个则慑于银河帝国强大的军事力量，宣布效忠于军人执政的新军事帝国，而其余31个比较偏远的殖民星球则表示中立。
于是，宇宙中三个分裂的政权形成了。
在以后的30多年里，三个政权之间的战争始终没有停息过。虽然军事帝国一度仗着雄厚的实力和杰出的将领，几乎攻陷了银河联邦的首府普里摩斯，但在关键时刻，太阳联邦却派出舰队支援以前的死敌，让银河帝国的军队功败垂成。
唇亡齿寒，这个道理谁都懂，更何况是太阳联邦中用兵首屈一指的费尔南多总督。在23岁的女人——柯琳·萧和年轻的总督安东尼·费尔南多的领导下，太阳联邦和流亡的银河联邦结成了联盟，共同对抗着强大的敌人。
而在银河帝国方面，军事实力也是很强大的，且名将如云。帝国的两大将领斐迪亚斯和科塔夫早在第一次银河战争期间就声名远扬，而军事建国的宗旨又让他们在国内开设了大量的军官学校，培养出了大批的军事人才，帝国的军事实力得到了有效地加强。
然而最强的帝国也有局限性，军人们在政治和经济方面不是行家。拥有92个殖民星球的帝国，在物资生产总量上居然只和小小的太阳联邦不相上下，以至于每一年帝国都要从中立的殖民星球上大量引进物资，而且在帝国内实行统一的分配制度。
这一点，也成了制约帝国进一步统一整个银河系的主要障碍。
于是，在不断的小规模的冲突中，三个政权相持了32年。在这32年间，又有将近20亿人战死。而随着时光无情的流逝，三个政权当初的缔造者都年事渐高，权利的中心也开始交接给了第二代领导人。
银河军事帝国在这方面似乎是最顺利的一个，这是因为帝国掌权者爱德蒙·冯·斐迪亚斯元帅有一个极其出色的继承人——他27岁的的侄子比夏·冯·斐迪亚斯少将。
这位21岁时毕业于帝国第一流军事学院的青年，有着“军事天才”的称号，据他的导师所说，斐迪亚斯少将自从进入军校以来，没有输掉过任何一次的模拟战斗。这个成绩，据说已可以和当年的“银河战神”卡尔·狄斯雷利元帅媲美——而在实战中，年仅27岁的少将也已经立下了赫赫战功，实力人所共见。
爱德蒙·冯·斐迪亚斯没有子女，而他的生死至交——帝国总参谋长科塔夫上将终身未娶，毫无疑问，如此出色且有着强大支持的比夏·冯·斐迪亚斯少将已经成为了军事帝国的最佳继承人。
而在太阳联邦方面，据说也出现了一个非常优秀的人才，虽然那个叫米格尔·海因的青年在身世上还留着谜团，但是这似乎丝毫不影响他在联邦中发挥日渐重要的作用。由于辉煌的实战成绩，这个据说没有受过正式教育的青年赢得了联邦总督费尔南多的欣赏，而联邦主席——柯琳·萧更是像一个慈母一样提携、爱护着他。
相比之下，情况最糟糕的是以民主建国著称的银河联邦的流亡政府。由于政府内党派众多，而没有一个派别有绝对的实力，所以自从德拉斯后，30多年间如走马灯般换了8位元首。每一位元首在任时间都不长，因此没有一个执政方案是得到彻底实行的。这种朝令夕改的情况严重影响了政府的运行，也让民众对政府开始缺乏信心。
更不幸的是，上天似乎没有像对另外两个政权一样，给银河联邦一位强有力的新领导人，可以统一内部种种不和谐的声音——因此，银河联邦中乱糟糟的情况似乎还要持续好一段时间。
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