就在源义经寄身奥州，逐渐成长起来的时候，掌控京都的平家政权却开始风波迭兴。且说就在义经六岁的时候，二条天皇退位，不久后去世，继位的六条天皇还是个孩子。于是平家依仗着自己的权势，在继位两年零八个月后，又逼迫幼帝退位，让位给了他的叔叔高仓天皇。这位高仓天皇与前代的二条天皇，以及另外一位以仁王，同为后白河上皇之子，他的母亲是平氏一门中大纳言平时忠的妹妹建春门院滋子，而他的皇后则是平清盛之女德子。至此，平家不仅掌握了大量的朝官之位，更成为皇室外戚，真可谓是“一天四海，尽在掌握”了。如今唯一能够稍微制约平氏的，就只剩下了早已退位的后白河上皇了。
嘉应元年（1169年）七月十六日，后白河上皇为了对抗平氏一门，主动剃发出家，改称为后白河法皇，并在自己的居所内独自任用官员，暗中积蓄力量。于是日本国中再次出现了双头政治，只不过一边是古已有之的法皇，另一边却不是藤原氏而是新崛起的平氏了。公卿们都根据自己的亲疏好恶，各自选择了自己所要侍奉的主君，两派在任用官员的问题上难免经常意见相左，也就因为这些矛盾，终于引发成一场大骚乱。
吸取了保元、平治两次大乱的教训，不论是后白河法皇还是平清盛都清楚地意识到，要在京都内稳稳控制政权，首先必须牢牢掌握京都的戍卫部队，所以当时负责京都戍卫的左右近卫府长官之职便异常重要。恰巧当时担任左近卫大将的藤原师长想要辞去左大将之职，后白河法皇想趁机将自己的亲信推上此位，然而平清盛却先下手为强，授意高仓天皇把清盛的长子、时任右近卫大将的平重盛升迁为左大将，又让自己的三子平宗盛补任了右大将一职。此举引起了后白河法皇及其一党的强烈不满，于是法皇便在东山的山麓深处一个叫做鹿谷的地方秘密召集了支持自己的三井寺僧都（僧职）俊宽、大纳言藤原成亲、山城守中原基兼、式部大辅（组织部副部长）藤原雅纲，以及一些武士，密谋策划推翻平家统治。
在法皇信任的人当中，有一名武士乃是出身摄津国的源氏，叫做多田行纲，他认为法皇与成亲等人不足成事，便趁夜将密谋之事报告给了六波罗的平清盛。清盛听后勃然大怒，立即召集武士，连夜将参与密谋的相关人员全部逮捕起来。主谋的成亲等人全部流放，而后白河法皇则被转移，幽禁在了鸟羽北殿之中。尽管如此，清盛却还觉得心中不安，便再次授意天皇发出令旨，将三十余位疑似法皇派的大臣们罢免了官职，改由平氏门人接任。到了治承四年（1180年）二月，清盛又强迫高仓天皇让位，由其儿子、当时只有两岁的清盛外孙安德天皇继位。如此这般，清盛才觉得稍稍安下心来。
然而事实上，平清盛这一系列激进的做法不仅没能真正地消除异己，反而使平氏一门树敌无数——源氏一族官居三位的源赖政便是其中之一。且说这位源赖政与源义经的父亲源义朝同样出自清和源氏，因在保元、平治两次动乱中都尽忠地守护天皇而被升为三位高官。赖政本与清盛站在同一条战线上，但因其子源仲纲受到清盛之子平宗盛侮辱而心生怨恨，此次再见到平氏幽禁法皇，废黜天皇，正可谓是国仇家恨集于一身了。
为了树立大义名分，好造平氏的反，源赖政特意拜访了后白河法皇的第二皇子以仁亲王，对亲王控诉说平氏一门如何如何的跋扈，被幽禁的法皇和被废黜的上皇如何如何的凄惨等等，希望亲王可以站出来发布讨伐平氏的令旨。同时他也表示，只要以仁王发出令旨，他愿意在事成之后奉其为新的天皇。对于以仁亲王来说，平氏一门同样是集国仇家恨于一身的存在，如果能在消灭他们的同时自己又拿到皇位，这般好事自然没理由拒绝，于是立刻同意了赖政的请求。
源赖政吸取前几次推翻平氏失败的教训，认为只依靠在京的中央官员来讨伐平氏，成功的可能性极低，还不如召集分散在各地，依旧掌握着部分武装力量的源氏族人进京勤王。于是他便找来了源为义的末子十郎义盛，任命他为藏人之职，改名为源行家，前往东方去传达以仁亲王的令旨。
但是不知何故，消息走漏，传到了右近卫大将平宗盛的耳朵里，宗盛立刻写信给当时在外巡查的父亲清盛。清盛收到书信后即刻回京，任命大纳言三条实房为专差前去查办，为了稳妥起见，他还派源兼纲等人带兵护卫。
此时的平清盛还不知道以仁亲王谋反的背后策划者是源赖政，而那个派去当护卫的源兼纲其实正是赖政的次子。于是兼纲便偷偷派人向以仁亲王通报起兵事泄，清盛已经派兵前来，要以仁亲王立即动身逃出京去。以仁亲王得信大惊，急忙与源赖政等人连夜逃往三井寺。此时的赖政意识到形势已经有所改变，召集各地的源氏族人前来已是远水不解近渴，便就近向京都附近的各大寺院送去书信，请求他们能够派出僧兵支援。可惜他期盼之心拳拳，响应者却寥寥无己，最后愿意站在以仁亲王一边的只有三井寺的僧众们，而平家所派出的征讨军却已经步步逼近了。
治承四年（1180年）五月二十三日拂晓，源赖政所率领的拥护以仁亲王的僧众、武士们，与平家所派出的征讨军在宇治川发生了激战。平家征讨军在东国武士足立右太郎忠纲的带领下纷纷渡过宇治川，很快便杀散了以仁亲王一方的人马，以仁亲王本人也在乱军之中做了刀下之鬼，源赖政一门或力竭战死，或自尽于当场。就这样，平家再次讨灭了反对势力。
然而，以仁亲王虽然身死，但他所发出的讨伐平氏的令旨却好像一支火炬般经由源行家之手传遍东国，点燃了推翻平氏的团团烈火。且说日本朝廷也被称为“大和王朝”，其根据地是在本州岛中部、京都附近的“近畿”地区，对于边远地区的控制力较为薄弱。前面提过的东北地区自不必说，整个本州岛东部习惯上被称为“东国”，除了东北地区外还有坂东地区，这里是源、平两大武士团发家的地方，也是源义经的父亲源义朝的根据地。
源行家是源义朝的兄弟、源义经的叔父，在源氏家族中也算是根正苗红的大家长了，而他又手持着以仁亲王的令旨，所到之处，坂东的源氏族人及其旧日党羽纷纷响应，揭竿而起——这一次，战乱所波及的就不仅仅是京都一地，而是整个日本了。
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