日本的“阴阳道”起源于中国的周朝，公元前1030，阴阳五行学说首次被确立，春秋时期更是受到各方君主与诸侯的推崇，一些专事研究阴阳数理的人都受到了极好的礼遇。到了隋唐时期，阴阳五行更是风行于世。而此时期的日本正是推古王朝时代，推古天皇派遣大批的僧侣来到大唐，向当时的唐朝学习各方面的技术与知识，这些僧侣从唐朝阴阳学家那里首次认识了阴阳学，因被其神秘莫测的历法、天文地理及遁甲方术所震撼，于是有部分人便投身唐朝的阴阳家门下修习此种知识理论，并且，不少遣唐使归国时带上了大量的阴阳五行学术论著。而当时的推古王朝的圣德太子天性聪慧过人，自接触到此种学术后，从此迷恋上了阴阳道，并极力向民众宣扬此种道术，乃至阴阳道被运用到诸多方面，甚至被当作一种政治手段。后来的天武天皇对“阴阳道”更加狂热，甚至到了无事不用“阴阳道”来进行占卜的地步。天武天皇从阴阳道中参悟到了其巨大的政治价值，为防止阴阳道被一般百姓拥有利用，他颁令成立了“阴阳寮”。这个机构相当于今天的国家级研究院，并且制定了相关的律令，使阴阳道成为法律的一部分，天武天皇曾严令禁止普通百姓拥有从唐朝带回的《河图》、《洛书》、《太乙》等阴阳道的专门典籍，目的就是想要让“阴阳道”成为自己巩固政权的独立工具。可以说，在当时，谁进入了“阴阳寮”，谁就可以成为天皇的御用之人。而那些没有进入“阴阳寮”的阴阳师们，命运却截然不同，不仅得不到重视，还被禁止进行占卜等活动。
嵯峨天皇驾崩之前，阴阳道历经多次被斥为迷信的黑暗时代，后来由天皇亲政转为藤原一族摄政的时期，政权转移，阴阳道不再被视为禁忌，受到打压的阴阳师重新踏上历史舞台，他们负责宫廷中的卜筮、祭祀、天文观测等皇室的重要活动。因为阴阳师可以看见一般人见不到的恶鬼或怨灵，无论多么邪恶的诅咒都能化解，还可以操纵一种称为“式神”的魂灵，请他们代办各种凡人不能办到的事情。这种“式神”和南洋的“暹罗养鬼术”差不多，是一种被阴阳师豢养的妖异之物。
在日本的阴阳道中，两个人的名声最大。其中之一是菅原道真，他是平安前期的学者和政治家，官至右大臣，但在公元901年遭谗言而罢免，后来郁闷而死。菅原道真死后，带着怨愤的魂魄徘徊不去，化作恶灵袭击京都，杀了许多皇室家族的成员，致使朝野上下不得安宁，风声鹤唳，人人自危。并带来洪水、台风等凶灾，更化为雷电天火烧毁了清凉殿，致使当时的醍醐天皇不得不退位。直到人们为他建造了北野天满宫，才稍稍平息。
另一个人就是安倍晴明，他是日本阴阳道中最著名的一个。
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